El 27 de abril de 1972 es detenido de nuevo y obligado a abonar una multa que paga con un mes de cárcel. Tres semanas después, un nuevo percance viene a sumarse a los ya sufridos. Su mujer recuerda: « Se marchó de casa un viernes, a mediodía. Dijo que se iba a Madrid y que no pensaba regresar hasta el domingo.» Al día siguiente, 24 de junio de 1972, es detenido en el convento de los Padres Oblatos, en Pozuelo de Alarcón, junto con otros nueve compañeros allí reunidos. Tras sufrir el interrogatorio policial, y antes de ser oídos por el juez, ingresan en prisión. Se les acusa de reunión ilegal y asociación ilícita en grado de dirigentes de las Comisiones Obreras. Se iniciaba así el Proceso 1.001.

«Recuerdo -comenta Genita- que a los pocos días me puso unas letras diciendo que no nos preocupásemos, que estaba bien y que no pensaba permanecer en la cárcel tanto tiempo como la primera vez (dos años). Contaba, no sé si para tranquilizarnos, que les pondrían una multa y les dejarían en libertad. Luego, vino la sentencia: dieciocho años de prisión, y a todos nos dejó petrificados.»

Cuatro meses después se conoce la petición del fiscal, aunque pasaría más de un año antes de que fuesen juzgados. Durante ese tiempo, Juanín y sus compañeros preparan la defensa e intentan dar a conocer su situación y opiniones sobre los acontecimientos del mundo laboral. Desde la prisión los diez procesados se dirigen por carta a los trabajadores con motivo de determinados conflictos laborales o preparación de «jornadas de lucha».

En la cárcel se seguía la actualidad a través de la prensa y la televisión. Las informaciones eran comentadas y se celebraban cursillos sobre diversos temas. Juanín se encargaba de dar charlas sobre sindicalismo a los que iban entrando de la calle, ya que conocía de primera mano los textos más importantes de la teoría sindical moderna y dominaba como pocos la temática de los «consejos». Sobre esta faceta suya, contaba recientemente Nicolás Sartorius: «Fue él quien me recomendó algunos libros de Karl Korsh sobre estos temas... No es, pues, extraño que fuese, sin duda, uno de los hombres que más a fondo había calado en el significado de las Comisiones Obreras y el sentido y la importancia que tiene la necesidad de un sindicato de nuevo tipo. Esta capacidad suya para la abstracción teórica, que surge de una práctica real social, era reconocida por todos.»

Juanín, que quizá fuera uno de los presos políticos que en menos tiempo acumuló más sanciones -siete años de cárcel, cinco despidos, cuatro multas y dos condenas del TOP- participó, junto con sus compañeros, en cuatro huelgas de hambre. Le parecía inconcebible quedar al margen de cualquier protesta, si la creía justa y oportuna.

Tras ingresar en la Universidad a Distancia, aprueba en una convocatoria el equivalente a dos años de Ciencias Económicas. Sobre su dedicación al estudio y la lectura, decía también Sartorius: «No pasaba por Carabanchel estudiante de Ciencias Exactas o ingeniero al que no acudiera para que le facilitara algunas explicaciones sobre matemáticas. Estos profesores solían estar un par de meses -generalmente por impago de multas- por lo que tuvo que cambiar de maestros una docena de veces y pasar largos periodos sin tener a quien acudir. Pero no sólo estudiaba libros de economía; infatigable lector de novelas, se le veía no pocas tardes recorrer las celdas de los intelectuales, observando distraídamente las estanterías con el fin de encontrar alguna que no hubiese leído, o acudiendo al despacho de censura de libros con el encargado de traerlas a la galería, y así saber antes que nadie que nuevo producto literario había llegado y a quien iba dirigido. Como es normal, esta afición por la buena literatura le había dado una notable facilidad para escribir y tenía fama entre los compañeros de la prisión de ser un »pluma«. En este sentido, puedo testificar que una buena parte de los escritos -en Carabanchel se pergeñaban muchos- estaban redactados por este metalúrgico que no pudo estudiar el bachillerato.»

El 20 de diciembre de 1973, día del asesinato de Carrero Blanco, comienza el juicio. «Juanín -cuenta Sartorius- había preparado minuciosamente su intervención ante el TOP, con su abogado defensor, Manuel López, y conocía como nadie la importancia que este acto tiene en la vida de un militante revolucionario.» Las sesiones discurrían en un clima de tensión agobiante, y no era fácil expresarse ante los reiterados campanillazos de la presidencia. Cuando oyó su nombre, se puso en pie, con su figura sólida de metalúrgico que ha bregado duro desde la infancia, las manos enlazadas en la espalda. Con su voz tranquila, más bien baja, en la que se notaba el acento asturiano. «Pertenezco a las CC.OO., pero no a las Comisiones que entiende el Ministerio Fiscal como filiales del PCE, sino tal como las entendemos los trabajadores», le había respondido al fiscal del TOP. Luego, iría contestando con precisión al largo y hábil interrogatorio de su abogado defensor: «Queremos un Estado que tenga en cuenta nuestros intereses, un Estado en el que nos hallemos representados los obreros... estamos en contra del orden económico monopolista... queremos un orden que reconozca el derecho de reunión, asociación, expresión y huelga... Los objetivos de CC.OO. son la mejora de las condiciones de vida de los obreros, conseguir un sindicato libre, unido y de clase, unir a todos los trabajadores católicos, socialistas, comunistas y sin partido, todos sin exclusión». «Cuando terminaron aquellas agotadoras jornadas -prosigue Sartorius-, procesados, abogados y público asistente fueron unánimes: la intervención más brillante y con más contenido fue la del asturiano Muñiz Zapico. Sus palabras de unidad durante el juicio, al igual que sus conferencias y artículos posteriores, no eran gratuitas. Poseía como pocos el sentido de la unidad, tan importante en la tarea política y sindical.»

«Recuerdo que estábamos viendo el cine y nos llamaron por los altavoces: ¡que salgan los del 1.001!»; así fue como los procesados conocieron la sentencia que otorgaba las peticiones del fiscal: 20 años para Camacho y Saborido, 19 a Sartorius y García Calve; 18 a Juanín; 17 a Soto, y 12 a Santiesteban, Costilla, Zamora y Acosta.

Aún antes de que se hubiesen acallado las repercusiones de la sentencia, los procesados recurren ante el Tribunal Supremo. Por su parte, los familiares despliegan una intensa actividad destinada a llamar la atención sobre el caso y a recabar apoyos. Así, por ejemplo, en diciembre del 74, en una carta a la opinión pública, las esposas y madres de los diez de Carabanchel decían: «La defensa y los encausados demostraron en el juicio que la acusación carecía de pruebas concretas, por lo que el Ministerio Fiscal no presentó ni siquiera a los policías. El juicio se celebró el día de la muerte de Carrero Blanco, en un clima de exacerbación, de tensiones y de odios. En las proximidades del Palacio de Justicia se pedía la cabeza, no sólo de nuestros familiares, sino la de sus abogados e incluso la del cardenal Tarancón. En este momento crítico -sin pruebas concretas de la acusación-, se condenó a diez trabajadores sin tacha... Nosotras, como nuestros maridos e hijos, creemos que, efectivamente, está llegando la hora de la reconciliación nacional, la hora de la amnistía previa, de la convivencia y de la libertad para todos.»

Fijada para el 11 de febrero del 75 la vista ante el Supremo de los recursos, los encargados inician esa misma fecha una huelga de hambre en Carabanchel. Cuatro días más tarde se dicta nueva sentencia, «más ajustada a Derecho», en la que se les vuelve a condenar a todos por «asociación ilícita». Las penas, al desaparecer el calificativo de «dirigentes», son sensiblemente rebajadas, y en concreto, a Juanín, los 18 años le quedan reducidos a cuatro. Con este motivo escribiría a su esposa desde la enfermería de la prisión:

«Por vuestra carta aprecio la alegría que para vosotros significó el resultado del juicio ante el Supremo. Quiero deciros que la nuestra, como es lógico, no ha sido menor. La realidad es que fueron muchísimos los españoles que se alegraron. Nuestro proceso desbordó en popularidad los límites de lo imaginable, en una situación tan tensa como la que nos tocó vivir... Tú sabes de mi optimismo innato; por ello, los acontecimientos políticos no suelen pillarme por sorpresa, la confianza en mis ideas democráticas me prepara para todo tipo de pruebas, las buenas y también las malas..., aunque ésta no es una carta donde pueda pasar sin decirte que nuestras ilusiones tienen visos de convertirse muy pronto en palpable realidad, pero tenemos que seguir empujando con más ánimos aún...»